同一个qtl对，在cis_qtl.txt.gz和cis_independent.txt.gz中的pval_g1中为什么不一样（如下方Zm00001d027299基因的结果），当一个基因只有一个条件独立位点时，pval_g1在两个文件中应该保持一致吧？这是我根据tensorqtl的脚本以及结果得出的结论。是我误解了吗？希望能得到您的回复，非常感谢！
我的命令如下：
omiga --genotype input_file/vcf_genotype --phenotype input_file/normalized_express.bed --prefix yumi --output-dir yumi --save-grm
omiga --mode cis --genotype input_file/vcf_genotype --phenotype input_file/normalized_express.bed --grm yumi/yumi.a --prefix yumi --output-dir yumi --fdr 0.05 --seed 123456 --covariates input_file/eigenvec.xls
omiga --mode cis_independent --genotype input_file/vcf_genotype --phenotype input_file/normalized_express.bed --grm yumi/yumi.a --prefix yumi --output-dir yumi/cis_independent --cis-file yumi/yumi.cis_qtl.txt.gz
结果文件截取：
cis_qtl.txt.gz
chrom pheno_id num_var variant_id start_distance af beta_g1 beta_se_g1 pval_g1 pval_g1_threshold pval_g1_pheno qval_g1
1 Zm00001d027230 253 1_49373 5112 0.0399002 29.9287 3.92077 1.9755e-13 0.00322195 3.96776e-11 1.74013e-10
1 Zm00001d027299 1828 1_2167855 10750 0.0261845 -9.35977 1.73561 1.2415e-7 0.000199164 0.000134378 0.000230905
cis_independent.txt.gz
chrom pheno_id variant_id start_distance af het_rate beta_g1 beta_se_g1 pval_g1 pval_g1_threshold rank corr
1 Zm00001d027230 1_49373 5112 0.0399002 0.0698254 34.2131233215332 6.024650573730469 2.6236402153213334e-8 5.0835371477003384e-5 1 1.0
1 Zm00001d027230 1_134521 90260 0.0785536 0.0074813 13.938735961914062 3.0652027130126953 7.223506040880236e-6 5.0488049564631894e-5 2 -0.0831614
1 Zm00001d027299 1_2167855 10750 0.0261845 0.00249377 0.7397258281707764 5.458805084228516 0.8922765344394986 7.235305900032604e-6 1 1.0