OmiGA v1.8.6 已通过 https://omiga.bio 发布,推荐大家使用最新版本以获得更佳的体验[呲牙]
相比于 v1.1.4 版本,主要更新内容:
=== 富集分析模块 ===
1、新增 --mode enrich 分析模块,支持 MAF-match(--maf-match)、LD-match(--ld-match和--ldscore-file)进行Permutation的功能富集分析,详见:https://omiga.bio/#/Enrichment
=== 遗传力分析模块 ===
2、新增 支持多GRM(>2)的遗传方差剖分(遗传力估计)
3、新增 --regional-grm 选项支持基因组分区构建 多GRM 用于多组份遗传力估计
4、新增 --export-random-eff 选项支持从遗传力估计模型中输出个体随机效应
5、新增 遗传力估计值的 wald 检验 P值
=== 分子QTL定位模块 ===
6、新增 OmiGA Phenotype Format (.opf.gz/.opf) 表型文件类型支持strand(正负链信息)列,简化数据准备流程,分析结果将新增输出 end_distance
7、更新 group-based cis-QTL 的 ACAT检验为“嵌套 ACAT 检验”,详见 https://omiga.bio/#/molQTL?id=qtl-mapping
8、新增 --window-type 选项支持指定 tss 或 body 定义 cis 区域
9、新增 --trans-window 选项支持指定 trans-QTL 定义范围
10、新增 --base-index 选项支持指定 表型注释信息的坐标起点(0-based 或 1-based)
11、新增 --PCAForQTL 选项内置 PCAForQTL 功能
12、更新 --dprop-pc-covar 选项可支持双参数分别设定 基因型和 表型 PC选择阈值
13、新增 --vif-threshold 支持判别并过滤多重共线性协变量
14、新增 利用 permutation-free 迭代 ACAT 方法定义位点水平阈值并弃用 --calau-variant-threshold 选项
15、新增 支持通过在 --mode cis_mt 模式指定 --fdr 重新定义显著阈值
16、新增 支持通过在 --mode cis_mt 模式对分染色体运行结果合并多重检验校正
17、新增 --extract-significant-qtls 支持通过 --mode cis_mt 提取显著位点-表型组合
18、新增 --cis-qtl-pairs 选项在 --mode cis_mt 模式中自定义指定 pairs 文件路径
19、新增/优化 --output-format 高性能结果文件输出格式(arrow, arrow_zstd, arrow_lz4, jld, jld_compress, jld2, jld2_compress),追求高性能输出时建议使用 --output-format arrow
20、优化 cis-QTL 分析结果列名
21、优化 使用 clipper 进行 group-based cis-QTL 时的性能
22、优化 加载超大规模表型时的内存利用
23、新增 GPU 加速
=== 其他 ===
24、新增 Windows、MacOS 及 ARM 架构平台支持
25、优化 整体性能
26、优化 日志输出
27、修复 已知的bugs
OmiGA将持续更新解决用户痛点,欢迎大家使用并提供宝贵的反馈意见或建议,谢谢大家[玫瑰][玫瑰]